Αποστολή του Κέντρου σε εθνικό και διεθνές επίπεδο είναι:
- η διεξαγωγή υψηλής ποιότητας έρευνας για την παραγωγή νέας γνώσης και τεχνολογίας προς όφελος της επιστημονικής και της κοινωνικής προόδου.
- η συμβολή στη διάχυση της καινοτομίας στην Ελληνική Κοινωνία
- η εκπαίδευση νέων επιστημόνων με υψηλού επιπέδου κατάρτιση.
- η αύξηση της διαχειριστικής ικανότητας του Κέντρου και η διαμόρφωση της στρατηγικής διαχείρισης γνώσης, στα πλαίσια της συμβολής της «κοινωνίας της γνώσης» - «οικονομιας της γνώσης».
- η βελτίωση των στρατηγικών επιλογών του Κέντρου, μέσω των συνεργασιών με ερευνητικά κέντρα της χώρας αλλά και του εξωτερικού.